La réponse la plus simple mais pas la plsu pratique, puisqu'elle ne permet pas de juger visuellement de la qualité de l'image passe par le programme en ligne de commande DCRAW

dcraw -4 -c -w CRW_0123.CRW | pnmnorm -bpercent 0 -wpercent 0.1 -brightmax | pnmtotiff >temp.tif tifficc -i eos10d-linear.icc temp.tif CRW_0123.tif

extrait de http://www.galacticslacker.com/perl-bin/re

En fin de compte, je préfère utiliser UFRAW:

http://ufraw.sourceforge.net/