Le problème est lié à la taille du cahce. Pour peu qu'on ait beaucoup de repositories dans sa liste de sources, et il se retrouve vite saturé. Il suffit alors d'éditer le fichier /etc/apt/apt.conf et d'y insérer la ligne suivante:

APT::Cache-Limit "20000000";

Vous pouvez également modifier le fichier /etc/apt/apt.conf.d/70debconf si il existe dans votre configuration et d'y insérer la même ligne.

Cheers! Voilà 20 Mb d'espace disque en moins et aussi quelques soucis d'éliminés...